Saarte Instituuti võib lugeda Kuressaare kolledži eelkäijaks. Saarte Instituut loodi 1991. aasta jaanuaris Eesti Teadusnõukogu otsusega Saare ja Hiiu maavalitsuste ning saartelt pärit teadlaste initsiatiivil.
Instituudi põhiülesandeks oli ja on kõikide Eesti asustatud saarte elanikkonna, ettevõtete ja asutuste huvidele vastava, riikliku ja omavalitsusliku juhtimise jaoks vajaliku teadusteabe tootmine, kogumine, levitamine ning rakenduste väljatöötamine. Kogukonnaga püsivalt asustatud saari on Eestis 12, saarte elanike esindajad on koondunud mittetulundusühingusse Eesti Saarte Kogu, kes on olnud instituudile sotsiaalseks tellijaks ning meeldivaks partneriks.
Instituudi tegevuses on oluline koht olnud Saarte Instituudi nõukogul, kuhu on aegade jooksul kuulunud: Ülo Kaevats, Jüri Kann, Aado Keskpaik, Anti Liiv, Heidi-Ingrid Maaroos, Sulev Mäeltsemees, Maret Pank, Olavi Pesti, Paul Tamkivi, Laine Tarvis, Andres Ihermann, Ants Ilus jt.
Teadus- ja arendustegevuse korralduse seaduse nõuetest lähtuvalt ühines Saarte Instituut 1998. aasta maikuus Tallinna Tehnikaülikooliga. Aasta hiljem nimetati TTÜ Saarte Instituut ümber TTÜ Kuressaare Kolledžiks, Saarte Instituut jätkab kolledži osakonnana.
Valik Saarte Instituudis valminud uurimustest ja projektidest
· Eesti saarte arengukava
· Paaditurism Lääne-Eesti saarestikus
· Saarte energiaressursid
· Eesti saarte infrastruktuuri arendamise riikliku programmi projekt
· Saaremaa turismiuuring 1995
· Reisijate- ja kaubaveovood Lääne-Eesti parvlaevaliinidel
· Eesti väikesaarte sadamate reonoveerimine (koostöös Phare CBCga)
· Põhikoolijärgse hariduse omandamise probleemidest Saare- ja Hiiumaal
· Saarte programmi juhtimine 1996-1997
· Saarte elanike elukvaliteet, 1995-1998
· Suure väina püsiühenduse sotsiaal-majanduslik mõju
· Koguteose “Saaremaa” koostamine
